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ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん

故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。